La imagen de Nuestra Señora de los Milagros recibe culto en la Iglesia Mayor Prioral de El Puerto de Santa María.
Esta imagen mariana corresponde, siguiendo al profesor González Luque, al “modelo iconográfico de Virgen Majestad, sedente y entronizada, con el Niño Jesús en disposición lateral respecto a su madre”, rompiendo de este modo la rigidez de las vírgenes románicas por la cercanía de las góticas. Este tipo fue bastante utilizado durante la reconquista para cristianizar los territorios conquistados a los musulmanes. Su devoción en sus inicios esta íntimamente ligada a la figura de Alfonso X, El Sabio quien reconquistó la alquería Alcanate en 1264 y la incorporó a los territorios cristianos. La relación del Rey Sabio con nuestra titular fue tanta que en su obra “Cantigas de Nuestra Señora” le dedica un importante número de composiciones en las que relata innumerables milagros. Y en el escudo de nuestra ciudad se recoge la aparición de la Virgen al rey sobre las almenas del Castillo de San Marcos confiándole la conquista de Alcanate, núcleo inicial de El Puerto de Santa María.
Esta imagen sufrió con el tiempo una profunda transformación ya que al imponerse con fuerza la moda de vestir a las imágenes con ricos ropajes se le cercenan sus brazos para facilitar su vestimenta y el primitivo Niño es sustituido por el actual de escuela sevillana.
Gracias a una restauración llevada a cabo en el año 1979 por el profesor Arquillo de la Universidad de Sevilla se comprobó que la imagen en un principio era de tez clara, muy distinta a la tonalidad que presenta en la actualidad. Respecto al cambio de color hay diversas teorías, una de ellas remite a la moda de iconos orientales que empiezan a llegar a Europa en el siglo XIV, también se menciona el verso del Cantar de los Cantares “Soy negra pero hermosa”, sin olvidar la acción de sucesivos repintes. De cualquier modo, no hay que olvidar que existen muchas advocaciones marianas con tez morena, sin ir más lejos, Nuestra Señora de la Merced y Nuestra Señora de Regla, patronas respectivamente de las vecinas poblaciones de Jerez de la Frontera y Chipiona.
El cuerpo de Nuestra Señora esta recubierto por un traje de plata, regalo de los Duques de Medinaceli, casa ducal muy ligada a esta devoción ya que eran los señores jurisdiccionales de El Puerto hasta la incorporación de nuestra ciudad a la Corona en 1729. También en 1669 le regalaron la media luna que aparece a sus pies.
Habría que mencionar que aunque en la actualidad recibe culto en la Basílica Menor, el primitivo templo donde estuvo expuesta fue el Castillo de San Marcos, mezquita musulmana cristianizada tras la conquista cristiana. Pronto la devoción y el aumento de población convirtió en pequeño ese templo. Por lo que en 1361, bajo el reinado de Sancho IV, y en el lugar conocido como Pozo Santo y extramuros, se empezó a construir un templo concebido para albergar a esta milagrosa imagen: la Iglesia Mayor Prioral. Hasta 1620, María Santísima de los Milagros recibió culto en el Altar Mayor de la Prioral, un altar mayor de pinturas góticas en cuya hornacina central estaba la imagen. El ocho de septiembre de ese año, Festividad de la Natividad de Nuestra Señora, quedó inaugurada la Capilla que se compone de capilla propiamente dicha, sacristía, escalera y camarín. La construcción de esta Capilla, sobre un antiguo cementerio, vivió numerosas vicisitudes por la falta de recursos económicos, Consta de un espléndido retablo barroco de estilo sevillano y bronces con escenas de la vida de la Virgen.
A lo largo del siglo XVIII, la devoción a Nuestra Señora no paró de aumentar, hasta tal punto que en 1729 el rey Felipe V junto con la familia real presencia la procesión ya que se encontraban alojados en distintas casas de nuestra localidad pasando una temporada. El propio rey Felipe, Isabel de Farnesio, los príncipes de Asturias, los infantes Carlos, Felipe, Luis y la infanta Teresa costearon las predicaciones de los sacerdotes desde el día 8 hasta el 15 con 100 ducados cada uno. Y, según recoge Juan José Iglesias en el libro “Memorias de una mercader a Indias. Imágenes de España y América en el siglo XVIII» “siendo voto antiquísimo hacer la primera fiesta de Milagros entre la ciudad y clero, y no habiendo tenido este año cabimiento, respecto de haber hecho todos los 8 fastos las 8 personas reales, se ha determinado, para cumplimiento en este voto, se haga novena por esta vez, y predicó con alta erudición el M.R.P. Fray José Francisco Morales de la Encarnación, lector de vísperas en su convento de franciscanos descalzos de esta ciudad”.
Otra figura muy ligada a la devoción a Nuestra Señora es el príncipe Manuel Filiberto de Saboya, quien hizo innumerables demostraciones de afecto y piedad hacia la Venerada Imagen. Hasta tal punto que el Cabildo General de la Cofradía reunido el 1 de octubre de 1620 acordó suplicar “a su Alteza admita el patronato de la Capilla y cofradía”. El duque dio su consentimiento el 10 de noviembre de ese año.
Siguiendo a Ana Becerra, archivera municipal, hasta 1606 no hay noticias fidedignas sobre la existencia de una organización religiosa que recibiera la denominación de Hermandad de Nuestra Señora de los Milagros, aunque se conservan mandas testamentarias destinadas a su culto fechadas en 1484 y la profesora de la UCA Belén Piqueras habla de otra posterior, en 1489.
De todos modos, en el siglo XVIII surgen unos grupos o asociaciones con carácter religioso bajo su advocación. Una de estas advocaciones es la llamada Esclavitud del Rosario de Señoras de Nuestra Señora de los Milagros, que surge en 1743 para instituir un Rosario. El termino esclavitud se puede equiparar al de hermandad así como el de esclavo al de hermano. Otra de las asociaciones que nacen para fomentar el culto fue la Congregación Sabatina para agradecer a la Santísima Virgen su protección a El Puerto durante el terremoto de Lisboa de 1755.
Estas asociaciones piadosas subsistieron a base de limosnas que a veces eran tan escasas que no llegaban para costear los gastos de la fiesta.
En 1916 la ciudad de El Puerto de Santa María vive un hecho histórico: la coronación canónica por Breve del Papa Benedicto XV de Nuestra Señora de los Milagros. Lo fue por el cardenal Enrique Almaraz. Se trata de la segunda imagen coronada en la Archidiócesis de Sevilla y la primera de la provincia de Cádiz.
El 13 de abril de 1966, y ante la proximidad del 50 aniversario de esta efeméride, se abre el expediente para la concesión del título de Alcaldesa Honoraria a Nuestra Señora de los Milagros. En el extracto del acta capitular, se recoge que es la Hermandad del Rocío la que propone este nombramiento y es recogida esta petición por el Consistorio de nuestra ciudad. Se tienen noticias de otro escrito de la Hermanad de la Flagelación en el mismo sentido.
En la sesión del 25 de junio que celebró la Corporación bajo la presidencia del Sr. Alcalde, D. Luis Portillo en su punto décimosegundo se acordó “por aclamación el nombramiento de Alcaldesa de Honor de esta ciudad de Nuestra Excelsa Patrona la Santísima Virgen de los Milagros y que se inicien los oportunos trámites para que sean rendidos honores de Capitán General con mando en plaza”.
El 5 de septiembre se da recibo de una comunicación del Gobernador Civil transmitiendo la autorización de la Presidencia del Gobierno por la se “concede autorización para la rendición de dicho honores de Capitán General, siempre que los mismos se limiten exclusivamente a los actos oficiales que se celebran el día 8 del corriente mes, fecha conmemorativa del Cincuentenario de la Coronación Canónica de dicha imagen”.
Como culminación de esta devoción secular a Nuestra Señora de los Milagros, la Iglesia Mayor Prioral de El Puerto de Santa María fue erigida santuario diocesano mariano el 16 de septiembre de 2013 y el 25 de enero de 2015 Basílica Menor Nuestra Señora de los Milagros por S.E.R. Don José Mazuelos Pérez.